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Les voies moléculaires pathogènes dans les maladies hépatiques cirrhotiques telles que le virus de l'hépatite C (VHC), l'hépatite auto-immune (AIH) et la cirrhose biliaire primitive (CBP) sont mal caractérisées.Les gènes différentiellement exprimés sont souvent importants dans la pathogenèse de la maladie.L'hybridation soustractive par suppression (SSH) est une approche à l'échelle du génome qui enrichit les transcrits d'ARNm exprimés de manière différentielle.Nous avons cherché à faire de nouvelles observations de l'expression différentielle des gènes dans la cirrhose en utilisant SSH combiné avec la réaction en chaîne par polymérase de la transcriptase inverse quantitative en temps réel (RT-PCR).Les transcriptomes hépatiques dans la cirrhose VHC, la cirrhose AIH, la CBP et les tissus hépatiques non malades ont été examinés par SSH.Les clones d'ADN complémentaire (ADNc) résultants ont été recriblés pour l'expression différentielle par hybridation par transfert en points, puis séquencés.L'expression des gènes sélectionnés a été quantifiée par RT-PCR en temps réel.Après SSH, 694 clones ont été recriblés pour l'expression différentielle des gènes, dont 145 ont été séquencés et se sont avérés dériver de 89 gènes différents.Sept clones n'étaient homologues qu'avec des séquences d'étiquettes de séquence exprimées (EST) codant pour des gènes n'ayant aucune fonction connue.L'expression régulée à la hausse de quatre gènes a été confirmée par RT-PCR en temps réel : membre 3 de la superfamille transmembranaire 4 (tétraspanine CO-029) dans toutes les formes de cirrhose, protéine d'interaction hedgehog (HIP) dans la cirrhose AIH et chitinase 3-like-1 (HC gp-39 ou ykl-40) et répétition arginine-acide glutamique (RERE) dans la cirrhose du VHC.Des polymorphismes du gène RERE et des variants d'épissage ont été observés dans tous les tissus examinés.La régulation à la hausse de la tétraspanine CO-029 était principalement localisée dans les cellules des canaux biliaires.En conclusion, de nouvelles observations de l'expression différentielle des gènes dans la cirrhose humaine ont été faites en utilisant SSH comme principal outil de découverte.En particulier, d'autres études du gène RERE et de ses produits dans les maladies hépatiques associées au VHC sont justifiées.