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Le sulfate de chondroïtine (CS) est une classe de glycosaminoglycanes qui sont liés de manière covalente aux protéines pour former des protéoglycanes.Le sulfate de chondroïtine est largement distribué dans la matrice extracellulaire et la surface cellulaire des tissus animaux.La chaîne de sucre consiste en la polymérisation d'une alternance d'acide glucuronique et de N-acétylgalactosamine, et est reliée au résidu sérine de la protéine centrale par une région de liaison de type sucre.

Bien que la structure de la chaîne principale du polysaccharide ne soit pas complexe, elle est très hétérogène en termes de degré de sulfatation, de groupement sulfate et de répartition des deux différences d'acide iso-uronique dans la chaîne.La structure fine du sulfate de chondroïtine détermine sa spécificité fonctionnelle et son interaction avec une variété de molécules protéiques.